Koska polyguanidini on biosidi ja se luokitellaan ympäristölle haitalliseksi aineeksi, ei konsentroituja tuotteita saa hävittää kaatamalla suoraan viemäriin tai vesistöihin.

Inaktivointi

Aine inaktivoituu reagoidessaan negatiivisesti varautuneiden ionien kanssa, esim. anioniset tensidit.